Las enfermedades reumáticas constituyen otra de las áreas en las que MSD tiene una mayor tradición investigadora, que comienza en 1940, cuando los científicos de Merck, en colaboración con universidades estadounidenses, sintetizaron la cortisona, el primer antiinflamatorio que apareció en el mercado.

Posteriormente, Merck desarrolló el primer AINE (antiinflamatorio no esteroideo), que mejoraba el perfil de los corticoides en el tratamiento de las enfermedades reumáticas. La investigación para aliviar estas enfermedades, que afectan a decenas de millones de personas, ha continuado durante años, centrándose principalmente en la artrosis y artritis, con el desarrollo de una nueva clase terapéutica que no produce las molestias gástricas que habitualmente aparecen con los AINEs tradicionales, y en la osteoporosis, patología en la cual MSD ha contribuido a mejorar la calidad de vida de los pacientes buscando las dosis más sencillas.